Решение описано для Centos 7 (6 должно тоже работать)

Создаем каталог:

mkdir /etc/systemd/system/php-fpm.service.d

В нем создаем файл ulimit.conf с содержимым:

[Service]
LimitSTACK=infinity

# echo [Service] >/etc/systemd/system/php-fpm.service.d/ulimit.conf
# echo LimitSTACK=infinity >>/etc/systemd/system/php-fpm.service.d/ulimit.conf

Перечитываем конфиги и перезапускаем php-fpm:

systemctl daemon-reload
systemctl restart php-fpm