Решение описано для Centos 7 (6 должно тоже работать)
Создаем каталог:
mkdir /etc/systemd/system/php-fpm.service.d
В нем создаем файл ulimit.conf с содержимым:
[Service] LimitSTACK=infinity # echo [Service] >/etc/systemd/system/php-fpm.service.d/ulimit.conf # echo LimitSTACK=infinity >>/etc/systemd/system/php-fpm.service.d/ulimit.conf
Перечитываем конфиги и перезапускаем php-fpm:
systemctl daemon-reload systemctl restart php-fpm