Задача: написать скрипт, который запускает индексацию сайта. Запускать будем по крону.

Сам скрипт:

<?php

define("NO_KEEP_STATISTIC", true);
define("NOT_CHECK_PERMISSIONS",true);
set_time_limit (0);
define("LANG","ru");

$_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] = dirname(__FILE__);

require($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/bitrix/modules/main/include/prolog_before.php");

CModule::IncludeModule("search");

$NS = false;
$NS = CSearch::ReIndexAll(true, 60, $NS);

while(is_array($NS))
{
    $NS = CSearch::ReIndexAll(false, 60, $NS);
}

P.S. Скрипт должен лежать в корне сайта. Советую запускать раз в сутки – ночью.